El ministerio público fiscal de Jujuy imputó a Francisco Aróstegui, por la comisión de los delitos de "prevaricato, denegación de justicia, abuso de autoridad y encubrimiento en concurso real".
El ministerio público fiscal de Jujuy, a cargo de Sergio Lello, imputó al juez de Instrucción N°1 de causas residuales, Francisco Aróstegui, por la comisión de los delitos de "prevaricato, denegación de justicia, abuso de autoridad y encubrimiento en concurso real" por supuestamente haber sobreseído en una decena de causas penales a la dirigente de la organización Tupac Amaru, Milagro Sala, y a sus integrantes y por mantener una relación de amistad con el esposo de ésta, Raúl Noro.

La denuncia contra el juez Aróstegui fue presentada por el titular del Ministerio Público Fiscal, Sergio Lello y está a cargo del Juez de Control N° 2, Jorge Zurueta. El magistrado habría sobreseído en siete causas penales a la dirigente social y en otras cuatro causas sobreseyó a integrantes de la organización Tupac Amaru, que Sala conduce, siempre en causas de orden penal. Incluso en algunos casos el juez sobreseyó a Milagro Sala en dos causas el mismo día.

Por otra parte, en el año 2013 fue fotografiado tomando un café en una confitería del centro de San Salvador de Jujuy junto al esposo de Milagro Sala, Raúl Noro. Según la misma denuncia, "el juez debió excusarse en las causas que involucraban a Milagro Sala", para evitar incurrir en uno de los delitos denunciados.

Según el fiscal, Aróstegui fue un juez "benévolo" con la organización Tupac Amaru y la dirigente piquetera Sala, esto surge de las actuaciones que tuvo desde que investigó y tuvo a su cargo denuncias penales en contra de todos ellos. Ahora, y por una causa por la que está detenida Sala, "Ávila y Páez p.s.a. tentativa de homicidio por promesa remuneratoria", el juez es imputado a raíz de su accionar en dicho proceso.

Aróstegui, denunciado públicamente y con pedido de Jury efectuado en su momento por el actual gobernador de la provincia, Gerardo Morales, por el accionar del magistrado en causas todas vinculadas a Milagro Sala e integrantes de la Tupac Amaru, fue denunciado por supuesto prevaricato por haber dictado "en forma dolosa" resoluciones contrarias a la ley vigente y aplicar el derecho basado en "hechos falsos"; supuesto abuso de autoridad, por haber interferido "con dolo" en el regular cumplimiento de sus propias órdenes oportunamente cursadas a organismos de seguridad; y supuesto encubrimiento por que "esta conducta favoreció a delincuentes, por deliberada omisión de persecución a los mismos".

El fiscal concluye que "Aróstegui buscó claramente beneficiar a los procesados", con lo que habría cometido los delitos de supuesto prevaricato, denegación de justicia, abuso de autoridad y encubrimiento en concurso real".